Hội Thánh Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ Tòa Thánh Tây Ninh là tổ chức Hội Thánh Cao Đài chính thống duy nhất được hình thành sau Đại Lễ Khai Đạo ngày Rằm tháng 10 năm Bính Dần (tức ngày 19 tháng 11 năm 1926) tại chùa Gò Kén, còn gọi là Từ Lâm Tự, Tây Ninh. Các chức sắc đầu tiên đã hình thành nên tổ chức Hội Thánh Cửu Trùng Đài, sau thêm Hội Thánh Hiệp Thiên Đài, hợp thành Hội Thánh Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ.

Tuy nhiên, từ trước khi Hội Thánh Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ được hình thành, giữa các chức sắc đầu tiên đã phát sinh nhiều mâu thuẫn. Ngô Văn Chiêu, tín đồ Cao Đài đầu tiên, đã từ chối ngôi vị Giáo tông và không tham gia Hội Thánh, cùng với một số tín hữu hình thành một hệ phái Cao Đài riêng, không tổ chức giáo hội, mà về sau gọi là Hệ phái Cao Đài Chiếu Minh. Sau khi Hội Thánh Cao Đài dời từ chùa Gò Kén về Tòa Thánh Tây Ninh như hiện nay, một số chức sắc đã ly khai và hình thành nhiều hệ phái Cao Đài khác nhau, có tổ chức Giáo Hội lẫn không tổ chức Giáo Hội.

Hội Thánh Cao Đài khai đạo và hoạt động trong giai đoạn thực dân Pháp kiểm soát rất chặt chẽ các hoạt động cộng đồng. Theo luật pháp Nam Kỳ, không được họp quá 19 người mà không xin phép[4], vì vậy hoạt động hành đạo thu hút nhiều tín đồ của Hội Thánh Cao Đài tại Đông Dương, trong đó có không ít trí thức có tư tưởng dân tộc, đã làm chính quyền thực dân Pháp lo ngại và ngăn cản. Dưới áp lực đó, ngày 22 tháng 12 năm 1927, Quốc vương Campuchia bấy giờ là Sisowath Monivong ra chỉ dụ cấm người dân Campuchia theo đạo Cao Đài; từ Pháp, Hoàng đế Bảo Đại ra 2 đạo dụ ngày 26 tháng 1 năm 1928 và 6 tháng 3 năm 1929 cấm truyền bá đạo Cao Đài tại Trung Kỳ; ngày 12 tháng 12 năm 1932, theo lệnh Khâm sứ Pháp tại Lào, Thánh thất Cao Đài ở Lào phải đóng cửa và Giáo hữu Thượng Chữ Thanh (Ðặng Trung Chữ)[5], đại diện Cơ quan Truyền giáo Cao Đài Hải ngoại tại Lào, bị trục xuất sang Campuchia; ngày 23 tháng 5 năm 1932, Giáo hữu Thái Hòa Thanh (Nguyễn Thái Hòa) bị Sở Mật thám Bắc Kỳ trục xuất về Nam Kỳ.[6]

Dù vậy, so với các chi phái, Hội Thánh Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh có tổ chức chặt chẽ và hoàn bị nhất, phát triển không ngừng, trở thành tổ chức Hội Thánh Cao Đài chính thống duy nhất và lớn nhất, là Hội Thánh đại diện cho tôn giáo Cao Đài, quản lý hơn 3/5 số lượng tín đồ Cao Đài trên toàn thế giới.

Hệ thống kinh sách

Hệ thống kinh sách của Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh gồm các bài cơ bút giáng được ghi nhận lại, tập hợp trong các tuyển tập gọi là Thánh Ngôn Hiệp Tuyển (gồm quyển 1 và quyển 2). Các tín đồ Cao Đài tin rằng đây là những lời truyền dạy về giáo lý tu tập cũng như các quy tắc ứng xử chung. Bên cạnh đó, còn có thêm các bài kinh riêng rẽ để sử dụng khi hành lễ trong từng trường hợp được tập trung thành quyển Kinh Thiên Đạo và Thế Đạo do Hội Thánh Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh ấn hành và giữ bản quyền.

Do Hội Thánh Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh là nơi phát xuất của các chi phái Cao Đài sau này, vì vậy, hầu hết các chi phái Cao Đài đều sử dụng hệ thống kinh sách của Hội Thánh Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh như bộ kinh sách chính của hệ phái mình. Tuy nhiên, hệ thống kinh sách của các chi phái Cao Đài khác diễn giải theo cách riêng, hoặc có thể thay đổi hoặc bổ sung thêm những bài kinh khác của riêng hệ phái mình.

Ngoài ra, Hội Thánh Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh còn ban hành một loạt hệ thống các văn bản luật pháp đạo mà sau này các chi phái ly khai cũng lấy đó làm thành luật lệ cho chi phái mình như:

1. Pháp Chánh Truyền (được xem như Hiến pháp của tôn giáo Cao Đài).
2. Tân Luật.
3. Đạo Luật Mậu Dần 1938.
4. Bát Đạo Nghị Định, được ban hành từ năm 1930 đến năm 1934.